2001年2月19日上午，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席江泽民向获得2000年度国家最高科学技术奖的中国科学院系统科学研究所研究员、中国科学院院士吴文俊和湖南杂交水稻研究中心研究员、中国工程院院士袁隆平颁奖。

2010年5月4日，中国科学技术部在北京举行小行星命名仪式，中科院数学院吴文俊院士等4位科学家获颁发小行星命名证书和小行星运行轨道铜牌。

2017年1月16日，中共中央政治局常委、中央书记处书记刘云山代表习近平总书记和党中央，登门看望国家最高科技奖获得者吴文俊、王永志，向他们致以诚挚问候，向科技工作者致以新春祝福。

2013年2月6日下午，万钢部长来到2000年度国家最高科学技术奖获奖者吴文俊院士家中，代表科技部向吴院士拜年并致以新春祝福，感谢他在拓扑学和数学机械化领域做出的卓越贡献。吴院士对科技部在拓扑学和数学机械化领域的长期支持表示感谢，并就数学机械化的发展、人才培养等问题与万部长进行了交流探讨。万部长就全国科技工作情况和基础研究工作的进展与吴院士进行了交流，叮嘱吴院士要保重身体，并希望吴院士对科技工作多提宝贵意见。

2008年1月19日，中共中央总书记，国家主席，中央军委主席胡锦涛亲切看望了著名数学家、中国科学院资深院士、首届国家最高科学技术奖获得者，中国人工智能学会名誉理事长吴文俊，代表党中央向他表示衷心的祝福。

2010年8月7日，中共中央政治局常委、国务院总理温家宝亲切看望了为我国科技发展和现代化建设事业作出重要贡献的国家最高科学技术奖获得者吴文俊院士，向他献上寓意吉祥和祝福的鲜花，致以深情的问候和良好的祝愿。